Для рассмотрения текущих вопросов деятельности института на основе принципов единоначалия и коллективизма создается исполнительный орган подотчетный высшему органу Института — ректорат, который возглавляется ректором.

В состав ректората входят проректора, деканы, заведующие структурными подразделениями Института (главный бухгалтер, начальник Управления организации и координации учебного процесса, начальники отдела кадров, науки, аспирантуры и соискательства, заведующий хозяйственно-административным отделом, секретарь Ученого совета и др.)

Ректорат коллегиально рассматривает вопросы текущей производственной деятельности Института и принимает управленческие решения.

Решение ректората вступает в силу после утверждения ректором.

Руководство деятельностью Института возглавляется на ректора. Ректор несет полную ответственность за результаты работы института. Он действует в соответствии с настоящим Уставом и действующим законодательством Республики Таджикистан от имени института, представляет его во всех органах, учреждениях и предприятиях распоряжается имуществом института, от имени института заключает договора, выдает доверенности, открывает в банке счета института. В процессе своей компетенции ректор издает приказы и дает указания, обязательные для всех работников института и слушателей.

Вопросы приема на работу и увольнения с работы сотрудников института, порядок назначения на должности преподавателей, профессоров, доцентов, научного персонала, руководителей структурных подразделений, вопросы премирования сотрудников возложены на ректора.

Часть своих прав ректор может возложить на проректоров и других членов руководства института.